El club se crea en 1984 con el nombre de Unión Deportiva Laguna tras fusionarse el Club Deportivo Estrella con el Real Hespérides, Juventud Concepción, Juventud Laguna, Club de Fútbol Bronco y Santo Domingo Club de Fútbol. Pronto cambiaría su nombre por el de Asociación Deportiva Laguna, denominación que mantendría hasta que en la temporada 2010/11 adoptaría la actual. En su primer año de vida debuta en Tercera División ocupando la plaza del Club Deportivo Estrella, el cual había sido uno de los fundadores del grupo canario de la categoría. En la temporada 1992/93 queda segundo en liga teniendo, por primera vez en su historia, la oportunidad de ascender a Segunda B disputando la liguilla de ascenso contra la Unión Deportiva Realejos, la Unión Deportiva Orotava y la Unión Deportiva Telde. No consiguió el objetivo al terminar tercero, siendo el conjunto realejero el que alcanzó la categoría superior. Después de pasar once años consecutivos en Tercera el equipo lagunero descendió en 1995 a Regionales, jugando por primera vez en Preferente. Tras cinco años en el pozo el representativo de la Ciudad del Adelantado retorna a categoría nacional al acabar primero en la 1999/00.

 

En esta nueva etapa el conjunto violeta centra sus esfuerzos en lograr el ascenso a Segunda B, llegando a jugar tres promociones de ascenso consecutivas pero sin conseguir el éxito del ascenso en ninguna. Tras quedar tercero en la temporada 2003/04 no pudo superar a la Unión Deportiva Villa de Santa Brígida en la primera eliminatoria de la promoción de ascenso, empatando a cero en casa y perdiendo en el Municipal del Guiniguada por 1-0 en la prórroga. En la siguiente campaña repite clasificación final en liga pero nuevamente no es capaz de pasar la primera eliminatoria que, en esta ocasión, le enfrentaba al Raqui San Isidro. El conjunto sureño siguió adelante por el valor doble de los goles marcados fuera de casa al empatar primero a uno en el Francisco Peraza y más tarde a cero en La Palmera. En la 2005/06 finalizó segundo con setenta y dos puntos pero al igual que en los años anteriores fui incapaz de superar el primer escollo en el camino a Segunda B, perdiendo los dos encuentros de la eliminatoria que le enfrentó al Club Deportivo Orientación Marítima por 3-0 y 1-2.

 

Con una economía más ajustada el Laguna pasó a luchar por la permanencia. Sin embargo en la temporada 2011/12 no logró su objetivo, regresando a Preferente doce campañas después.

Finalizó quinto al acabar la última jornada de la temporada 2012/13 pero el Comité Canario de Disciplina Deportiva le concedió dos puntos más por alineación indebida de la Unión Deportiva San Andrés y Sauces, ascendiendo así a la tercera plaza de la clasificación final. Esto le permitió, tras la renuncia del Club Deportivo San Andrés y Club Deportivo Arguineguín por motivos económicos, ocupar la plaza del retirado Club Deportivo Corralejo en Tercera División. De nuevo con una economía más ajustada el Laguna pasó a luchar por la permanencia en la siguiente temporada logrando un décimo tercer puesto. Sin embargo en la 2014/15 no cumpliría ese objetivo, regresando a Preferente.

 

Desde 2010 mantiene un convenio de colaboración con el Real Madrid en base al cual el club blanco puede incorporar a los entrenamientos de cualquiera de sus equipos a cuantos jugadores de la entidad lagunera consideré necesario.